Şairin asıl adı Ahmed’dir. Babası dönemin âlimlerinden Hüseyin Efendi’dir. İlk eğitimini aldıktan sonra, Şeyhülislam Hâcezâde Efendi hizmetine girdi ve Bayezid medresesinden mülazım oldu. Rebiülevvel 1027 / Şubat-Mart 1618’de İbtidai Yusuf Paşa medresesine, Receb 1029 / Haziran-Temmuz 1620’de Kapudan Ali Paşa medresesine, Ramazan 1031 / Temmuz-Ağustos 1622’de Kasım Paşa medresesine, Receb 1032 / Mayıs 1623’te Gazanfer Ağa medresesine atandı. Cemâziyelâhir 1033 / Mart-Nisan 1624’te Sahn müderrisi olup Ramazan 1035 / Mayıs-Haziran 1626’de Medrese-i Haseki’ye, Şevval 1038 / Mayıs-Haziran 1629’da Şehzade Medresesine atandı. 1039 / 1629-30’da vefat eden şair, babasının türbesi civarında defnedildi.

Atâyî, Nesîbî ahlak ve ibadetini över, onu manevi mertebesinin büyüklüğüne dikkat çeker. Ona göre Nesîbî, salahat ve iffet timsalidir. Siyadet nuru alnında parlamaktadır. (Atâyî, 731) Atâyî’nin şairin vefatına düştüğü tarih:

Necl-i pâki Hüseyin Efendi’nün / Seyyid Ahmed Efendi tâbe serâhu

Terk idüp bu makâm-ı fâniyi / Kıldı dâr-ı bekâyı menzilgâh

Didi târihini ‘Atâyî anun / Rûhına rahmet eyleye Allâh (Atâyî, 731)